Olá joao_marcelo,
se vc usa o k3b como ferramenta para gravação dos DVDs, vc pode, abrindo um Novo Projeto de DVD, após incluir os arquivos e pastas, abrir a menu de diálogo de gravação e neste localizar a aba Sistema de Ficheiros, ou qualquer tradução semelhante, nela, existe a opção, no item Permissões, de Preservar as permissões dos ficheiros (salvaguarda), creio que lhe ajude.
Abs