É como eu disse, gente! O Suse está, nesse período, ajustando o nosso fuso para UTC -2, que é o que ocorre com no horário de verão, ainda que você esteja usando ou não a sincronização de horário automática via ntp (e o Suse a usa por padrão, se não estou enganado - mas isso só ocorre durante o boot!).
Agora quanto ao que o Onjahyr falou, acontece algo parecido comigo, mas no meu caso é bem mais grave! Se deixar o micro desligado por umas três horas, e ao ligá-lo escolher inicializar primeiramente o XP, o horário vai estar normal; no entanto, se escolher inicializar primeiramente o Suse, meu horário estará atrasado entre 20 e 40 minutos! No início pensava que fosse bateria de BIOS também, mas vi que não era ao verificar o horário no próprio BIOS antes de inicializar (vendo que este está normal, mas depois de incializar o Suse o horário atrasa!). Também toda vez que eu faço um reboot (coloco a máquina para reinicializar, agor, por exemplo) o relógio vai atrasando três minutos! Isso só acontece com o Suse, tenho outras distros e não ocorre o mesmo! E isso tenho certeza que é um bug!
Mas tenho quase certeza que o responsável por tudo isso é o /etc/init.d/boot.clock, mas eu não sei nada de script!
Agora quanto ao que citei anteriormente é apenas uma instrunção para correção das datas de início e fim do horário de verão.
Quem usa Linux juntamente com Windows tem que estar com o horário de hardware setado para o mesmo do horário local, se quiser queos horários combinem! Já eu não dou importância pra isso, deixo meu horário de hardware setado para o horário UTC mesmo, para não fugir do padrão Linux, e ajusto meu fuso de sistema para Brasil/Est (que atualmente está em horário de verão) e faço o relógio de painel exibir o fuso América/Fortaleza (que não entra no horário de verão). Então lá no XP vai ser exibido o horário UTC, que é o horário de hardware.
Alguém diz algo mais?