Vamos lá...
para compilar
$ gcc <source.c> -o prog
onde source.c é o código em C e o prog é o executável, por exemplo, vamos supor que fiz um programa para fatorial cujo o source se chama fat.c e eu quero que o programa se chame fatorial então faço
$ gcc fat.c -o fatorial
Depois, para executa-lo direto no terminal é simples
$ ./fatorial
Lembrando que isso tudo é no terminal (console...)