Ola.
Tente configurar na secao global do samba:
unix charset = ISO8859-1
agora, os que ja estao com acentuacao, ç e outras coisas erradas, vc tera de renomear. Um probl. que tive foi com arquivos em cx. alta. So conseguia renomear no linux e em uma shell. com cx. baixa era tranquilo pelo windows.
abcos.,