Não sei se é possível desinstalar o pulseaudio no gnome.
Você não configurou sua placa de som para dolby 5.1 por exemplo desabilitando o microfone ?
O único problema que tenho com skype é com o microfone, mas devido a placa de som vagabunda onboard usb da Asus m2n. O sinal do microfone fica cortado. Com outras placas de som funciona 100%.