Olá,
Aqui eu paro o Squid com o comando "service squid stop" e limpo o cache o comando "squid -z".
Estes comandos funcionam normalmente, sem erro.
A diferença é que no meu caso, o cache está em /var/cache/squid e não em /var/spool/squid.
É possível também usar o Yast para parar o Squid temporariamente para limpar o cache. Em Sistema > Serviços de Sistema > Configurar níveis de execução > desabilite a inicialização do Squid, limpe o cache e habilite novamente.