Olá,
Problema 1
Algo semelhante ocorreu comigo em pastas compartilhadas no servidor, onde não era necessário segurança, pois os compartilhamentos eram públicos. Creio que estavam relacionadas com vírus e outros malwares das estações Windows. Estes vírus não afetam o servidor, mas estes compartilhamentos podem virar "ninhos de virus". Isto desapareceu com o tempo, depois que eu coloquei nos compartilhamentos em questão, no arquivo /etc/samba/smb.conf, a seguinte linha:
veto files = /*.exe/*.cmd/*.eml/*.vbs
delete veto files = yes
Problema 2
Problemas deste tipo acontecem quando algum usuário ou compartilhamentos estão com as permissões setadas incorretamente, que podem ser no Samba ou no sistema.
Dê uma reestudada nas antigas e rígidas permissões do Unix. Lembre-se que é preciso também que elas estejam corretamente setadas no arquivo /etc/samba/smb.conf