Olá Júlio,
Eu instalei o SUSE 9.3 em uma situação parecida: tinha um HD com 3 partições: uma C, NTFS, uma D, fat32 e outra E, fat32 também. A instalação criou os pontos de montagem automaticamente e não apagou nada, pois montar um dispositivo realmente, como você disse, integra o sistema de arquivos existente no dispositivo na árvore de pastas do seu linux, a partir da pasta / (raiz) permitindo que você os utilize normalmente. No caso, os arquivos da unidade C estarão em /windows/c.
Mas se você não se sentir seguro quanto a isso, creio que possa alterar esta configuração na instalação e não criar estes pontos de montagem durante a mesma. Depois da instalação, você ainda poderá fazer a montagem destas unidades windows no ponto que desejar na arvore de diretorios (eu prefiro em pastas dentro de /mnt ...) usando o comando mount e, para automatizar/facilitar a montagem, inserir a configuração adequada no arquivo /etc/fstab.
Quanto à troca das letras das unidades, depois da instalação você pode até criar um novo diretório "e" dentro do /windows e alterar o /etc/fstab para montar nesta pasta os arquivos da unidade "e" do windows. Mas creio que a mudança dos nomes ocorre porque o Linux não "lê" realmente a letra atribuida à 2a. partição no windows (que talvez tenha sido alterada manualmente ou existe algum outro dispositivo de armazenamento que assumiu a letra d no windows?) e sim atribui "c" à primeira partição windows, "d" à segunda, etc. ( Acho que é isso, por favor, alguém me corrija se estiver errado! :-D ) De toda forma, esta situação - disco "e" no windows e pasta "/windows/d" no Linux não acarreta nenhum risco de perda de dados na simples montagem da partição.
Saudações!
spsilva